随着混沌能量源被彻底封印，银河系边缘的暗物质逐渐消散，那些被扭曲的空间结构开始自动修复。曾经笼罩在星际同盟上空的阴云逐渐散去，三十艘失踪战舰的残骸在引力波牵引下重新聚拢，破损的船体表面竟自行修复着晶化脉络——这是上古文明封印术留下的馈赠。
林悦站在旗舰指挥台上，指尖拂过共鸣之石表面新生的纹路。这块融合了上古文明印记的陨石正在脉动，每隔七秒就会投射出三维星图，标记出三处散发着虹光的星域。“这不是单纯的坐标。“她凝视着星图中央闪烁的红点，“艾琳娜留下的最后讯息说，这是‘方舟-Ω’真正的目的地。“
深空回响
地球联邦档案馆最底层，尘封的S-Ω级保险柜突然自行开启。全息投影在空中展开：穿着银色隔离服的林沐阳站在直径百米的环形装置前，胸牌特写显示着他作为“星河计划“首席科学家的身份。“如果有人在五十年后看到这段影像，说明星核监狱的封印已崩溃...“影像中的男人停顿片刻，额间渗出细密血珠，“混沌不是敌人，而是宇宙重启的阀门。那些被植入晶矿的观察者，其实是在收集文明演化的关键参数...“
这段被删除了127年的影像，在林悦触碰共鸣之石的瞬间自动重启。舰桥上的所有屏幕同时闪烁，机械文明的首席工程师突然冲进来，指着正在重构的星图大喊：“这些坐标对应的是人类殖民史上三个被抹除的档案！第一艘曲速飞船'先驱者号'失事地！天狼星系人工冬眠基地！还有——“
他的话戛然而止。所有人同步看到了骇人画面：北极冰层下的实验舱里，穿着防护服的身影正在将晶矿碎片植入初生婴儿的大脑，监控屏显示着脑电波与矿物的共振曲线。
遗忘的见证者
南极冰川持续震颤，国际科研站的声呐屏显示有东西正在穿透三十米厚的冰层。应急部队举枪瞄准的瞬间，冰面轰然炸裂。裹挟着湛蓝光芒的生物破冰而出，它上半身是半透明的人形，下半身由流动的晶矿构成，胸口悬浮着正在重组的星核碎片。
“小远...“生物吐出的声音像晶体摩擦，“他们不是第一批背叛者。“它抬手指向东南方天际，那里隐约浮现出巨型飞船剪影，船体铭刻着与星核监狱相同的符文，“你们找到最后的真相了？“
林悦按住躁动的共鸣之石，突然想起机械工程师临终前拼命写入数据库的加密档案。她快速调取数据，三百个G的加密文件在五秒内破解，浮现出触目惊心的真相：所谓“暗影“组织，实为上古文明设定的“安全协议执行者“，专门抹除过度开发晶矿的文明；而现任同盟高层中，23%的成员体内植有控制晶体的纳米芯片。
星河嬗变
当林悦将真相公诸于世时，整个星际同盟陷入癫狂。议会大厅里，机械义眼同时转向中央位置，十三位被芯片控制的议员突然自燃，灰烬中飘落着发光的数据碎片。与此同时，十二光年外的虫洞中冲出无数晶化战舰，舰艏喷涌的却不是能量束，而是液态光斑——那是初代混沌能量与上古文明技术的完美融合。
“你们以为封印了混沌就高枕无忧？“艾琳娜的声音从某艘旗舰传来，她本人早已是晶体与血肉的混合体，“真正的威胁从来不是混沌本身！“她突然撕开胸腔，取出跳动的星核，“看看这个！真正的方舟-Ω计划是把银河系改造成超维孵化器！“
混乱中，林悦怀中的星核碎片突然发出撕裂般的悲鸣。小远金纹暴涨，将整个议会大厅笼罩在量子屏障中。“老师，共鸣之石在反向解析艾琳娜的意识！这具躯壳里还有...“
话音未落，艾琳娜的眼中闪过一丝血红，她体内的星核竟分化出十二道光刃，将屏障撕开蛛网般的裂痕。“太迟了...星河意志真正的载体从来不是矿...而是...“
最后的献祭
在绝对的死寂中，林悦突然感到小远握紧了自己的手。青年苍白的手指突然爆发出超新星般的金光，共鸣之石飞入他胸口，竟与心脏融为一体。“原来如此...“他的声音变得空灵，“上古文明一直在等待自愿融合的观察者...“
小远的身体开始晶化，但每一块晶体都折射出银河旋臂的景象。他在痛苦中微笑：“那些被标记的文明...不是实验品...是被选中的种子...“星核监狱的能量脉冲与他产生共鸣，整个太阳系突然扭曲成克莱因瓶结构。
当林悦触碰变回孩童模样的小远时，发现他后颈处刻着微小的星门图腾。“他比我们先醒来了百年...“小远轻声解释，“在你们以为我昏迷的每一天...“他的指尖轻触星图，三个被标记的星域突然坍缩成光点，又在银河另一侧重新绽放，“这才是方舟的真相——播种文明的星门。“