宇宙在众人的努力下逐渐恢复生机，破碎的星系重新凝聚，荒芜的星球再次焕发生机。然而，短暂的和平并未让青云等人放松警惕。他们与守秘者联盟、琉璃生物组成联合巡查队，穿梭于各个星域，时刻警惕着潜在的威胁。
一日，巡查队在“幻影星云”发现异常。这片星云原本以变幻莫测的光影闻名，此刻却弥漫着一层淡淡的灰雾，星云内的能量波动紊乱不堪。“检测到未知的能量频率，与暗熵物质的波动有相似之处，但又截然不同。”星械师操作着仪器，眉头紧锁。青云握紧元始之匙，匙身符文微微发亮，指引着众人朝着星云深处飞去。
在星云核心，他们发现了一座造型奇特的建筑。建筑由黑色晶体构成，表面刻满了古怪的符号，这些符号既不像暗熵议会的符文，也不同于已知文明的文字。语嫣取出古老典籍对照，突然惊呼：“这些符号与水晶球中记载的‘古神遗迹’标识极为相似！传说古神曾是创世之初的强大存在，与创世之力有着千丝万缕的联系。”
正当众人准备深入探索时，一阵刺耳的警报声响起。无数小型飞船从建筑四周的空间裂隙中驶出，这些飞船呈三角锥形，表面流转着诡异的紫色电流。“警告！外来者擅自闯入‘暗渊圣殿’，立即离开，否则将被视为敌人！”通讯频道中传来冰冷的电子合成音。
红衣长袍者上前交涉：“我们察觉到这里的异常能量波动，担心会对宇宙平衡造成威胁，希望能了解情况。”对方却不再回应，直接发动攻击。紫色电流化作闪电射向巡查队，所过之处，空间留下焦黑的痕迹。琉璃生物们迅速结成防御阵型，琉璃战甲光芒大盛，形成一道光盾抵御攻击。
战斗中，青云发现这些飞船的攻击方式似乎在针对他们的能量弱点。“他们对我们的战斗模式很熟悉，难道是……”他的脸色瞬间变得难看。此时，神秘人挥舞金色权杖，杖头光芒暴涨，一道秩序之光笼罩战场：“小心，这些飞船的能量波动中夹杂着暗熵议会的残余气息，恐怕是有内鬼泄露了情报！”
与此同时，在宇宙的另一角落，暗熵议会的残余势力正聚集在一个隐蔽的基地。一个身着黑袍、头戴兜帽的人站在中央，他手中握着一块闪烁着红光的晶体：“那些守护者以为击败了前元老就高枕无忧了？‘暗潮计划’即将启动，让他们见识真正的绝望。”周围的暗熵议会成员纷纷单膝跪地，眼中闪烁着狂热的光芒。
巡查队在与三角锥形飞船的战斗中逐渐陷入被动。这些飞船不仅数量众多，还能组合成不同的战斗阵型，释放出强大的联合攻击。星械师的机械军团损失惨重，许多机械战士在紫色电流的攻击下瘫痪。语嫣吹奏玉笛，试图用音波干扰敌方，但对方似乎早有防备，飞船上的特殊装置能抵消音波的效果。
“这样下去不是办法！”青云大喝一声，将三大本源融合后的力量注入仙剑。仙剑光芒暴涨，他化作一道流光，冲向敌方的指挥舰。然而，当他靠近时，指挥舰突然分裂成三个小型球体，每个球体都能独立发动攻击，且攻击角度**钻，让他难以招架。
神秘人见状，与守秘者联盟成员联手，发动了一记强大的合击技。红焰、碧水、青木、紫光汇聚成一道巨大的能量洪流，朝着敌方舰队冲去。但敌方舰队却以一种诡异的方式分散开来，能量洪流只击中了少数飞船，大部分都落了空。
在激烈的战斗中，琉璃生物们发现建筑上的符号在战斗过程中会产生共鸣，似乎在启动某种更强大的力量。为首的琉璃生物大声喊道：“必须阻止他们激活建筑核心！一旦让他们得逞，后果不堪设想！”青云等人闻言，立即改变战术，集中力量朝着建筑核心发动攻击。
然而，就在他们即将接近核心时，黑袍人突然出现在战场上。他手中的红光晶体爆发出耀眼的光芒，光芒中浮现出一个巨大的虚影。虚影散发着令人窒息的威压，与黑暗本源的气息截然不同，但却同样让人感到绝望。“守护者们，准备迎接真正的灾难吧！”黑袍人的声音在宇宙中回荡，一场新的危机，正朝着青云等人席卷而来。
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