法兰西第一帝国灭亡后，罗马教廷于1817年同普鲁士、1821年同巴伐利亚相继签订协议，共同对包括同济会、光日会在内的秘密社团再次进行镇压，导致整个19世纪欧洲大陆各国的同济会相对沉寂。
1813年，英吉列国的两派和解，成立了英格兰联合总会。同济会的分裂给英国带来的一大负面影响是失去了北美殖民地的支持。在19世纪中期后，英吉列国的同济会迅速失去了其社会改革的锐意和先驱性，演变为保守派，支持君主立宪制。
以上为现代同济会的第一次大分裂。
2.第二次大分裂：
第二次大分裂出现在19世纪中期的高卢。1723年的《安德森宪章》中规定，现代同济会会员在会所内必须避免讨论任何宗教和政治话题，但1875年的洛桑大会上，高卢大东方社决定接纳无神论者为会员，废除了现代同济会传统的宇宙间伟大的建筑师概念。高卢大东方社积极参与政治活动，并与天主教会关系紧张。
根据宪章规定，英格兰联合总会禁止在会所内讨论任何宗教和政治话题，高卢大东方社的这一改革直接违背了这些传统，导致在1877年英格兰总会撤销了对高卢大东方社的认可，其他英语系国家的同济会所也响应了这一决定，正式宣告了他们之间的分裂。
（二）二战及二战后时期（二战到1980年）
二战期间，欧洲和亚洲的同济会经历了巨大的破坏与打击。在欧洲，法西斯政权对同济会进行了取缔，所有会所被关闭，高卢同济会在战争中遭受了巨大的损失。
德国的小胡子政权甚至对国内的同济会成员进行了有组织的屠杀，将其与犹太人一同关进集中营，小胡子政权指责他们密谋统治欧洲，同时散布了一系列虚构的阴谋论文件。
在东欧，同济会也受到社会主义国家的冲击，直到20世纪90年代，苏联地区的同济会才得以重新恢复。这个时间也是与苏联解体的时间相吻合的。
在亚洲，同济会在二战期间遭到了脚盆鸡的重创。除了菲律宾同济会在战争中损失较小之外，其他地区都遭到了脚盆鸡的严重破坏。脚盆鸡国内的同济会会所全部关闭，华国境内许多同济会会所在脚盆鸡侵华期间关闭。
二战后，在菲律宾总会的支持下，华国同济会总会得以在华国恢复，然而不久后再次衰落，直到近年才在青蛙岛同济会总会的支持下重新运转。
在华国芳港，同济会会所第一雍仁会馆在二战期间被脚盆鸡炸毁，早期的青蛙岛同济会在脚盆鸡殖民统治时期也被停止，战后由菲律宾总会恢复。
二战后，大部分伊斯兰国家公开反对同济会，这不仅因为伊斯兰国家为维护政教合一的制度，还因为认为同济会是犹太人的组织，而雅各（以色列）在巴勒斯坦的建国，让这种宗教与政治的矛盾更加剧烈。而同济会与中世纪圣殿骑士团的密切关系，也让穆斯林对同济会持有更加反感的态度。
三、现代时期（1981年到现在）
同济会在80年代后继续深入积极地参与美苏对抗、颠覆和策反苏联社会主义国家等众多历史事件，并在苏联解体中扮演了很重要角色。
苏联解体后，同济会在苏联尸体上进行饕餮盛宴的时候，其也进入快速发展时期。截止到2018年共有600万成员，美丽国有200万会员，会员中有很多犹太人或具有犹太血统之人，各国会员必须是各个国家精英中的精英，非富即贵，或者是科学家、艺术家，现在其成员已经遍布全球各地。
同济会现代著名人物有马克·吐温、爱迪生、爱因斯坦、罗斯福、杜鲁门、福特、老布什、小布什、克林顿、希拉里、奥巴马、英吉利皇室、拜登、美国国务卿奥沙利文、迈克尔·杰克逊、ladygaga、李嘉诚、牛云、小燕子等等。
现在美丽国在世界各国都发展了自己的组织和力量，有些同济会已经掌握了一些国家的内政外交和各种命脉，比如美丽国同济会。
美丽国同济会历史：
在北美的英吉列国殖民地，同济会于1730年首次出现。美丽国革命后，每个州都成立了自己的总会所，形成了独立的组织体系。虽然曾有人希望成立以乔治·华盛顿为首任总导师的全美总会所，但这一尝试并未成功。1733年组建的总会所被认为是美丽国的第一个同济会总会所，后来更名为圣约翰会所。本杰明·富兰克林于1731年成为这个总会所辖区内的会员，体现了同济会在美国建国初期的历史渊源。
同济会的会员在美丽国历史上扮演了重要角色。有记载显示，历届美丽国总统中至少有15位是同济会会员。同时，美丽国《独立宣言》的56位签署者中至少有8位、1781年的第一部美丽国宪法的签署者中至少有10位、1789年美丽国宪法的40位签署者中至少有9位都是同济会成员。
在美丽国建国前，当时正值华国清朝，华国势力也参与了美丽国建国准备，并被寄予厚望，但由于当时华国势力认为遥远的北美洲与华国关系不大，所以投入美丽国建国的资金也不是很多，占有股份比例不是很高。
1830年，在反同济会运动高峰期，美丽国有40000名同济会成员；到1870年，这一数字上升到500000，到1995年上升到4600000。
美丽国50届总统中有20位是同济会成员，其中十几位是在20世纪的总统，威廉·麦金莱、西奥多·罗斯福、威廉·霍华德·塔夫脱、沃伦·哈丁、富兰克林·罗斯福、哈里·杜鲁门和杰拉尔德·福特、大布什、小布什、克林顿、奥巴马、拜登等等。
此外，美丽国开国将领中的63位将领中至少有31位是同济会员，英吉利国北美殖民地13个州的30名州长中至少有10位也是同济会员。其中，同济会成员哈扬·所罗门对北美独立运动的资金提供起到了关键作用，据《大不列颠百科全书》记载，哈扬·所罗门为北美殖民地政府及其领导人提供了大约60万美元的资助，这相当于现在的近500亿美元。
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