随着王正治被拿下，朱由检针对晚明文官集团的第一次清洗，终于露出了最锋利的獠牙。盘根错节、结党营私、严重阻碍国家机器运转的官僚体系，尤其是以内阁首辅魏藻德为核心的权臣集团，成为了他立威、破局的首要打击目标。
皇极殿。
魏藻德被锦衣卫暂时控制在殿中，方才煽动群臣对抗皇帝的余音似乎还未散去，但他此刻已是面如死灰，浑身颤抖。他知道，一切都完了。
朱由检冰冷的目光落在他身上，声音不带一丝温度，向着惊魂未定的百官，公开罗列这位当朝首辅的罪状：
“内阁首辅魏藻德！”朱由检的声音在寂静的大殿中回荡，“身为百官之首，食君之禄，本应忠君之事，然则：
其一，结党营私，排斥异己，败坏朝纲，阻塞言路！
其二，贪墨军饷，纵容下属，致使边镇缺饷，京营困顿！
其三，欺君罔上，粉饰太平，对国库空虚、流贼猖獗之实情，百般遮掩！
其四，值国难当头，不思报国，反倡邪说，煽动群臣，对抗圣意，口出狂言，大逆不道！
其五，经查，其家财何止万贯，田产、商铺遍布京畿，与尔微薄俸禄相比，天差地别，贪腐之罪，昭然若揭！”
朱由检每念一条，魏藻德的身体就矮一分，待到最后一条念完，他已彻底瘫软在地。
“以上诸罪，任意一条，皆可致尔于死地！”朱由检语气冷酷，带着最终审判的意味，“朕决定，数罪并罚！魏藻德，处以极刑！其三族之内，凡同党附逆、罪大恶极者，一并论处！所有家产，全部抄没入官，充作军饷！”
诛三族！这是极其严酷的刑罚，意味着魏藻德的直系亲属、父母宗族、妻家宗族都将受到牵连！
“陛下饶命！陛下开恩啊！”魏藻德发出绝望的嘶嚎。
“行刑！”朱由检面无表情，对他的哀求置若罔闻。
骆养性一挥手，数名锦衣卫如狼似虎地扑上前，死死摁住魏藻德，用早已准备好的布团堵住他的嘴，将他像拖死狗一样往殿外拖去。
“唔……唔……救我……李阁老（指李邦华）……成国公……救我……”魏藻德拼命挣扎，目光扫过殿内昔日的同僚、盟友，眼中充满了乞求。
然而，无人应答，甚至无人敢与他对视。
皇帝之前通过“太子南迁名单”和“捐银借银”等一系列操作，早已将群臣分化、试探、震慑了一遍。谁是忠，谁是奸，谁是墙头草，皇帝心中恐怕已有一本账。此刻魏藻德大势已去，谁还敢冒着触怒这位杀伐果断的新君的风险，去为一个必死之人求情？他早已是孤家寡人！
绝望之下，魏藻德的求饶变成了疯狂的诅咒，他用尽全身力气扭动着，喉咙里发出含混不清的嘶吼，内容无非是痛骂朱由检是昏君、暴君，不得好死。
但这最后的疯狂，很快便被殿外传来的一声闷响所终结。锦衣卫奉旨，先将其缢死，随后斩下首级，悬于午门之外示众。而抄家的队伍，早已如蝗虫过境般扑向了魏家那富丽堂皇的府邸。
魏藻德，这位曾经权倾一时的状元首辅，就这样以一种极为惨烈的方式，退出了历史舞台。
他死后，皇极殿内陷入了死一般的寂静，空气压抑得让人窒息。官员们低着头，噤若寒蝉，生怕下一个就轮到自己。
就在这时，朱由检的目光落在了勋贵队列前方的成国公朱纯臣身上。方才魏藻德被拖出去时，几乎所有官员都下意识地跪伏或垂首，唯有这位国公爷，似乎还站得笔直，只是脸上肌肉微微抽搐。
“成国公，”朱由检淡淡开口，“刚才，你为何不跪？”
朱纯臣心中一凛，连忙跪倒：“陛下息怒！老臣……老臣方才被魏藻德那逆贼的狂言惊呆了，一时……一时反应不及，并非有意失仪！老臣甚至还想上前制止他胡言乱语……”
“是吗？”朱由检不置可否地笑了笑，没再追问，但心中已给这位国公打上了“弃子”的标签。留着他，不过是看他还有多少油水可榨罢了。
看着满朝文武战战兢兢、明哲保身的模样，朱由检知道，立威的目的已经达到。现在，是时候进行权力的重新洗牌了。
“首辅魏藻德既已伏法，”他缓缓开口，“国不可一日无相。朕以为，左都御史李邦华，刚正不阿，老成谋国，堪当此任。诸卿以为如何？”
谁敢有异议？
“陛下圣明！”群臣立刻山呼。
“善。”朱由检点点头，“李邦华，即刻起，你便以首辅之职，入值文渊阁，总揽庶务！”
“老臣……遵旨！”李邦华再次叩首，这一次，他的声音中充满了沉甸甸的责任感。
紧接着，朱由检开始对内阁和六部尚书进行大刀阔斧的调整：
“朕命：
首辅李邦华，兼领兵部尚书！主管全国军政、兵籍、军械、军令！
内阁大学士邱瑜，调任吏部尚书！主管官员任免、考核、升迁！
内阁大学士范景文，兼领工部、礼部尚书！主管工程建设、屯田水利及典章礼仪！
内阁大学士方岳贡，调任户部尚书！主管国家财政、税收、户籍、钱粮！”
这一系列任命，完全打破了以往的惯例，将权力高度集中，并赋予了新任官员极大的职权。其任命原则，隐约可见：将最重要的兵权、财权交给自己相对信任、且表现出务实态度的人（李邦华、方岳贡）；将需要稳定和细致的部门交给看起来沉稳的人（范景文）；而将权力极大、关乎人事任免的吏部，交给了之前表现中庸甚至有些推诿的邱瑜，这其中既有平衡，或许也带着试探与控制的意味。
所有被点到名字的官员，无论心中作何感想，都只能出列叩首领旨：“臣，遵旨！”
至此，以魏藻德为首的旧有权臣集团，在朱由检雷霆万钧的打击下，彻底宣告瓦解。皇帝通过“可杀”与“可立”的强硬手段，初步重塑了朝堂格局，奠定了自己不容置疑的权威。
殿下百官，此刻终于真切地意识到：这位年轻的皇帝，已经不再是过去那个可以被轻易糊弄、掣肘、甚至架空的崇祯了。他变了，变得果决、冷酷，而且……深不可测！过去那套敷衍塞责、阳奉阴违的为官之道，恐怕行不通了！
一场围绕着皇权与官僚体系的残酷博弈，刚刚拉开序幕。
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