除了加封天策上将，李渊还给了李世民四个铸币炉，以及开府纳士的权利。如此以来李世民就有了军队，钱财，和人才这三项合法的力量。
太子李建成与老三李元吉知道后明面上也不能说什么，只能偷偷给李世民使绊子。想要把李世民和他的手下调开逐一击破。
不久，窦建德旧将刘黑闼举兵造反，占据洺州。十二月，李世民统领全军向东去讨伐他。
武德五年（622年）正月，进军肥乡，分兵断绝刘黑闼运粮的通道，双方对峙两个月。刘黑闼被迫急于求战，率领步兵、骑兵二万人，南渡洺水，早晨便迫近官军。
李世民亲自率领精锐骑兵，攻击刘黑闼的骑兵，攻破了他，乘胜冲击践踏他的步兵，敌兵崩溃，斩首级一万多。先前李世民派人筑坝堵塞洺水上流使水流变浅，让刘黑闼得以渡水。
等到作战之时，才命令挖开拦河坝，大水冲到，一丈多深，敌兵已经战败，逃到水中都淹死了。刘黑闼与二百多骑兵往北逃到突厥，李世民全部俘虏了刘黑闼的部众，河北平定。
当时徐圆朗带兵在徐、兖二州阻碍李世民，李世民这时便回师讨伐平定了徐圆朗，于是河、济、江、淮所有州郡城镇都平定。
十月，李渊加授李世民左右十二卫大将军。
此时，李世民的威信已经严重威胁到李建成这位太子了，于是三兄弟在朝廷上进行了一次次的明争暗斗。
第一个方式就是吹耳边风，
李渊晚年宠幸的嫔妃很多，生了滕王李元婴等近二十位小皇子，他们的母亲争相交结各位年长的皇子来巩固自己的地位。
李建成和李元吉都曲意侍奉各位妃嫔，奉承、献媚、贿赂、馈赠，无所不用，以求得皇帝的宠爱。也有人说他们与父亲李渊的嫔妃张婕妤、尹德妃私通乱伦，宫禁幽深神秘，此事无从证实。
当时，太子东宫、各王公、妃主之家以及后宫妃嫔的亲属，在长安横行霸道，为非作歹，而主管部门却不敢追究。由于李世民不去讨好诸位妃嫔，所以嫔妃们很生气，争相称赞李建成、李元吉而诋毁李世民。
张婕妤看上了本来赏赐给李神通的土地，于是李渊就把这些土地赏给了她的父亲，但是李神通有令先就没有交出去，于是张婕妤就诬陷是秦王李世民夺走了李渊赏赐给她父亲的土地并赏给李神通。李渊因此发怒，责备秦王李世民。
尹德妃的家人嚣张跋扈，秦王府的官员杜如晦经过他的门前被他们拦下打断了一根手指，尹德妃又诬告李世民，对李渊说秦王李世民欺负她的家人。于是李渊又大为生气，训斥了李世民。李世民反复为自己澄清，但李渊始终不相信他。
后来在宴会上李世民看着父亲身边如此多的新人，就想起来自己的母亲，便哭了起来。那些嫔妃们又开始吹风：陛下建立如此伟业，只是娱乐娱乐，那秦王就在那里哭啊，是不是憎恨我们，等陛下你御龙登天后他会杀了我们母子的，而太子贤仁我们是心安的，于是李渊就对世民逐渐疏远，而对李建成、李元吉却日益亲密了。
第二个方式那就是直接刺杀了
武德七年（624年），齐王李元吉劝说太子李建成趁早除去秦王世民，他说：“我自当替哥哥亲手将他杀掉！”李世民随从高祖前往元吉的府第，元吉命令护军宇文宝埋伏在寝室里，准备刺杀世民。李建成生性颇为仁爱宽厚，连忙制止了他。李元吉恼怒地说：“我这是为哥哥着想，对我自己有什么好处！”
但是李建成也还暗中让右虞候率可达志从各地调精兵到京城，后被告发，高祖召见建成，把他责备了一番，将可达志流放到巂州。
不过李建成如何甘心呢，又是同样的操作让庆州都督杨文干帮帮忙还送了一批军械，不过尔朱焕和桥公山到达豳州后，担心受到牵连不敢参与此事，便向豳州的官员告发李建成指使杨文干起兵叛乱，让他与自己内外呼应。这下算是玩脱了，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他。
后面还是李世民平定了叛乱，李建成在李元吉和后宫嫔妃轮番替李建成求情，中书令封德彝又在外朝设法解救李建成，后面又回到了长安将罪责推给了东宫幕僚太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。
时间到达两年后，
武德九年（626年）6月，秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下嫌隙以后，认为洛阳地势优越便利，担心总有一天会发生变故，打算离开京城长安，退守洛阳以自保，所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化，拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。
李元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发，朝廷便释放了他，让他返回洛阳。
之后李建成和李元吉在夜间设宴邀请李世民，暗中在酒中下毒。李世民突然心痛，吐血数升，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。李渊来到西宫，询问世民的病情，敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”
李渊因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本打算立你为太子，你却坚决推辞。
而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。
我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争，我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王故事。”
李世民哭泣着，以不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。李渊说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”
李建成和李元吉知道李世民要离开长安，那咋行这不是放虎归山么，于是就开始密谋截杀李世民了。
于是秦王府的各位再也忍不住了。
行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”
无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。
李世民把房玄龄召来商议此事，房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”
于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。这时李世民还没有下定决心，不就太子他们就开始下手了。先是派人刺杀尉迟敬德，后设计调走程咬金，又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，向李渊诬陷房杜二人，使他们遭到斥逐。
现在李世民就剩下长孙无忌还留在秦王府中，他与他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军侯君集以及尉迟恭等人，日以继夜地劝说世民诛杀李建成和李元吉，李世民犹豫不决。灵州大都督李靖、行军总管李勣也劝谏：“大王因功高被猜疑，愿效犬马之劳。
但是李世民不愿意是不愿意，但是架不住太子他们步步紧逼啊。
武德九年六月初一丁巳日（626年6月29日），太白金星在白天出现于天空正南方的午位，按照古人的看法，这是“变天”的象征，是暴发革命或当权者更迭的前兆，代表要发生大事了。
适逢突厥郁射设带领数万骑兵驻扎在黄河以南，突入长城边塞，包围乌城，太子李建成便推荐齐王李元吉代替秦王李世民都督各路军马北征以抵抗突厥入侵。高祖听从了他的建议，命令元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉乘机请求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。
在太子的东宫中担任率更丞职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“太子对齐王说：‘现在，你已经得到秦王骁勇的将领和精锐的士兵，拥有兵马数万之多了。
我与秦王在昆明池为你饯行，让勇士在帐幕里将秦王杀死，上奏父皇时就说他暴病身亡，父皇应该不会不相信。我自当让人进言，逼父皇将国家大事交给我处理。
尉迟恭等人已经落到了你的手中，应该将他们悉数坑杀，谁敢不服！”秦王府众人知道后，mad这还得了。连忙劝谏李世民先下手为强，经过整夜的商讨，李世民下定了决心那就打。
李世民命人算卦以卜吉凶，恰好秦王府的幕僚张公谨从外面进来，便将占卜的龟壳夺过来扔在地上，说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果占卜的结果是不吉利的，难道就能够停止行动了吗?”于是便定下了行动计划。
于是李世民秘密召回房杜两人，一开始两人没同意，可能有诈。后面是尉迟恭拿着秦王金刀来和两人说明情况，两人就着道士服回到了秦王府。
经过谋划，他们决定在玄武门埋伏太子一行，由秦王去和李渊告状，说太子和齐王疑似与后宫有染。李渊下令让两人进宫，途径玄武门的时候。玄武门之变就开始了，太子和齐王被杀，其后代也被杀掉。于是秦王就理所当然的成为了太子。
武德九年（626年9月4日），李渊传位于皇太子李世民，李世民在京师长安的东宫显德殿即皇帝位。
此外他还赦免了原东宫一大批官员，其中就有魏征。
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