因李伏威在江淮深得民心，起兵响应者络绎不绝，李渊极为重视。
二十二日，李渊颁布《讨辅公祏诏》说：“严禁暴力、整肃军队，是过去君王实现太平的手段；违法乱纪、包藏祸心，是有国之君用来严明刑罚的原因。东南道行台尚书左仆射、上柱国辅公祏，原本出身平凡，素来没有才能和功绩。过去因天下大乱，他才有可乘之机，追随吴王李伏威占据江淮地区。朕念在其远道归顺朝廷，根据他的功劳，超越常规授予他官职爵位。然而，他不恤皇恩、心存感激，反而包藏祸心、图谋不轨。自从吴王李伏威入朝之后，江淮军政委于其身，可他却不遵法纪、为祸一方，江淮百姓无不翘首企盼朕能救百姓于倒悬。本朝以仁为本，考虑其有功于朝廷，欲给予其宽恕的机会，期望他能悬崖勒马、改过自新。
但是，如今他竟敢起兵叛乱，擅自设置官署，驱使那些像豺狼一样的恶贼，荼毒黎民、杀害百姓。对于这种穷凶极恶之徒，必须迅速平定，还百姓一片青天。朕决定派遣将领讨伐辅公祏，执斧钺、抚黎庶、定山河。朕任命天策上将、领司徒、尚书令、陕东道大行台、雍州牧、领十二卫大将军、上柱国、秦王李世民为江州道行军元帅，统领骁勇的军队，扫荡叛臣贼子。所有罪恶，只归罪于首恶分子，对于被胁迫跟从的人，一律不予追究。即使有已经陷入贼党的人，如果并非出于本心，关键时刻能立下功劳，这样的人，朝廷都要给予官职和奖赏。江淮以南地区，近来遭受荼毒，官吏百姓苦不堪言，嗷嗷待哺。平定之后，要普遍给予优厚的奖赏，并立即进行抚慰，让他们各自安定生活。功勋奖赏的等级和赏赐，由天策上将全权定夺。”
李渊诏书很清楚地表明想让李世民离开关中前往江淮，毕竟，李世民在关中一日，自己便会惶恐一日。然而，李世民对于李渊的任命不置可否。
李渊见调不动李世民，只好诏令襄州道行台仆射、赵郡王李孝恭和光州总管、弋阳郡公卢祖尚率领水军开赴江州，岭南道大使李靖带领交、广、泉、桂等州兵力开赴宣州，怀州总管黄君汉取道谯州、亳州，齐州总管李世绩进攻淮水、泗水。
二十三日，吐谷浑归附唐朝。
吐谷浑的归附令颉利可汗极为愤怒，他绝不允许大唐兴盛，于是，二十八日，颉利可汗兵发原州，很快，突厥攻陷原州的善和镇。
原州地势较高、河流众多、四通八达，乃关中西部重要枢纽，也是长安的重要屏障，历来是兵家必争之地，游牧民族南下多从此地入关。
原州的沦陷，使得李唐王朝陷入了深深地恐惧之中。
三十日，突厥又侵犯渭州，右武侯大将军李高迁弃城逃跑，幸好尉迟敬德火速增援，大败突厥。
同日，高开道率军队侵犯幽州，被薛万均、薛万彻等击退。
九月十五日，辅公祏派徐绍宗攻打海州，陈政道攻打寿阳。
十月，颉利可汗率军再次攻打马邑。李高迁惧敌，仓皇出逃，半道遇伏，损失惨重。高满政则据守城池，与突厥周旋，李渊听闻马邑危急，立刻命刘世让进兵救援，到达松子岭后，见突厥势大，退守崞城，双方展开对峙。
此时，长安城内，突厥使者到来，对李渊说：“大唐皇帝陛下，您曾答应与突厥和亲，臣今日奉可汗之命前来迎娶公主！”
“你突厥难道都是背信弃义之徒吗？”李渊怒斥使者。
使者一脸疑惑地问：“陛下何出此言？”
“先前已经约定，颉利可汗退兵，不再犯我大唐，朕答应只要他退兵，便派公主前去和亲，可如今，颉利可汗又犯我马邑，这难道不是背信弃义之举吗？”
突厥使者语塞。
李渊又说：“回去告诉你们的颉利可汗，想要大唐公主，就请撤出马邑！”
突厥使者只得前往马邑，禀告颉利可汗。颉利可汗内心动摇，又觉得即使拿下马邑，恐怕也难以保全，不如迎娶大唐公主更加实惠。于是，准备撤军。
“不可撤军！”前隋义成公主厉声制止。
见义成公主言辞激烈，颉利可汗只得硬着头皮继续攻打马邑。因突厥兵不善于攻城，因此，联络高开道，由高开道率军攻城。突厥一面命高开道攻城，一面派人劝降高满政。面对突厥劝降，高满政不为所动，此时，被围已超过半月之久的马邑守军粮草殆尽，军心发生动摇，无奈之下，高满政只得率军突围至朔州，右虞侯杜士远恐突围不成，便杀死高满政投降了突厥，二十日，高满政被杀，马邑陷落，突厥兵锋直指雁门关。
二十五日，郑德芳奉命前往突厥，见到颉利可汗后，郑德芳说：“可汗费尽心思打下马邑又有何用？”
颉利可汗说：“马邑历来是兵家必争之地，拿下马邑，我突厥便可随时南下牧马！”
郑德芳说：“可汗此言差矣！马邑乃我大唐门户，可汗虽然拿下马邑，但我大唐绝不会善罢甘休，朔州城据马邑近在咫尺，随时可以出兵收复马邑，而对于突厥来说，占领马邑则要日日担心我大唐何时反攻，请问可汗，突厥能否久守马邑？我陛下今愿用大唐公主换取突厥随时可能丢失的马邑，望可汗三思！”颉利可汗认为郑德芳所言有理，于是归还马邑，李渊则派大唐公主远嫁突厥。
经过马邑之战后，并州大总管府长史窦抗之子窦静上表请求在边境设置屯田防止因高满政粮草殆尽和粮草转运不利而战败之事再次发生。
李渊觉得言之有理，裴寂则认为不可。双方各执一词，李渊左右为难。遂令窦静入京与裴寂辩论。
裴寂说：“自曹魏以来，屯田制便已废除，南北朝以来，历朝历代皆采用府兵制，这是大势所趋，若采用屯田制，士兵难免心生怨怼，恐对江山稳固不利。”
窦静说：“自隋以来，每六户方可支撑一名士兵的开销，隋末以来，土地荒芜，生产停滞，百姓供养士兵不易，我朝立国不久，百废待兴，当务之急便是与民休息，若采用屯田制，一来可以发展生产，二来可以减轻农民压力，况且，我仅希望陛下能在边境采用屯田制，如此一来，若边境发生战事，便可减轻朝廷运往边关的粮草压力，而且，边境田地乃士兵亲自开垦，士兵保护田地定会像保护自己家园一样，打仗能不卖力吗？”
裴寂无言以对。李渊便任窦静为检校并州大总管，在并州实行屯田制。屯田制的实行，大大增强了边境军民的生产热情，也使得朝廷每年多收获数千斛粮食。
同日，李渊召李高迁入宫，厉声呵斥说：“突厥犯边，你却屡次出逃，置大唐江山于何地？”
李高迁惶恐不能应。
李渊立即下令免除李高迁一切职位。
十一月，黄州总管周法明驻扎荆口镇，张善安占据夏口，两军对峙。
初十，张善安派刺客伪装成渔民暗杀了周法明。一代名将，六十有二退出了历史舞台。
周法明之死令李渊震怒，于是，李渊派智勇双全的李大亮讨伐张善安。
十二日，辅公祏将领陈当世已经攻打左难当据守的猷州许久，然始终不能克城，舒州总管张镇周、安州刺史李大亮得知左难当被围，引兵救援，在猷州黄沙镇击败辅公祏的将领陈当世。猷州，地处长江中下游平原与皖南山区交接地带，战略地位十分险要。
辅公祏为了攻克猷州，只得继续派兵，而张镇周分兵一部与左难当继续守城，李大亮则率本部人马进军洪州，威胁张善安。
十二月初一，日食现于南斗的十九度位置，这又是吴国的分野区域。太卜认为这预示着大唐战争的胜利。?
初二，李大亮赶到洪州，听闻李大亮到来，张善安畏惧不已，说：“李将军，我本无反叛之意，全是因为手下逼迫才行此悖逆之事，望将军饶命！”
李大亮隔江大喊：“既然张总管有投降之意，那大亮想请张总管过来叙话。”
话毕，命人渡江去请张善安。
张善安明知不是李大亮对手，只得带少量人马渡河来见李大亮，李大亮见张善安进入营地，即行扣押，并说：“既然张总管是被手下人逼迫才反叛的，那张总管这下可以放心了，在我这里，没有人逼你谋反！”随后，李大亮派人前往张善安部大营，说：“张总管已经投降我大唐，他说他此次谋反全是因为众人胁迫，是大家断了他的富贵！”
众人听后，愤怒不已，大骂：“张善安竟然用我们来换取自己的富贵！”随即，四散而去。而后，李大亮将张善安送往长安。
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