房玄龄说：“殿下，陛下偏袒太子、齐王，如果真去对质，恐怕陛下也不会把齐王和太子怎么样，反而会令他们加快谋害您的脚步，因此，臣认为，明天是我们除掉太子和齐王的最佳时机。”
其他人皆赞同房玄龄的看法。
李世民说：“好！明天，我们一早我们就进入玄武门，那里，就是太子和齐王的死地。”
说完，李世民开始安排具体分工。
“明日之事，有三处要地，第一在临湖殿，尉迟敬德明早率先进入临湖殿，然后保护陛下至游船之上，并贴身护卫，万不可使陛下与御林军接触，更不能让陛下命令御林军帮助太子党，这是成败的第一步。房玄龄、杜如晦、宇文士及也带剑去游船上，以防意外，我和程知节等也埋伏附近；第二处在秦王府，若明日不能消灭太子党，太子很有可能派人攻击秦王府，为了无后顾之忧，长孙无忌、高士廉、秦叔宝负责守卫秦王府，若玄武门战事不利，立即带兵增援；第三处在玄武门，由张公谨、段志玄、侯君集、张士贵、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李客师等负责，你们是明天成败的重中之重，一旦太子、齐王进入玄武门，立即关闭城门，不可放跑二人，若有援军到来，务必将其挡在门外！”
李世民又说：“无忌，你派人告诉张亮、温大雅，务必替我们守好洛阳！”
“是！”长孙无忌又说：“秦王，有一个很严峻的现实问题。”
“什么问题？”李世民问。
“我们这么多人，如何顺利进入玄武门？兵器又如何携带进去？”
“不用担心，云麾将军敬君弘、中郎将吕世衡、中郎将常何都是我们的人！”
众人都被李世民的话惊呆了，没想到秦王原来早就提前布置好了一切。
李世民继续说：“今夜，大家早些休息，还有大家都不要回去了，就在秦王府休息，明天天亮之前，我们一起进入玄武门！”
“遵命！”
“我还要去见一个人，我们需要他的支持！”李世民说。
众人看向李世民。
李世民大喊：“秦王妃，为我梳妆，我去拜访李靖！”
梳妆后，李世民亲自前往李靖处。
见到李靖后，说：“李将军，本王有件事请你帮忙！”
李靖说：“秦王殿下，但讲无妨！”
“我和太子，您帮谁？”
“秦王这是何意？”
“太子和齐王打算明日对我动手，我需要李将军的支持！”
“秦王，我能置身事外吗？太子对我曾有礼遇之恩，我不能帮您！”
“好！将军如果能置身事外，便是对我最大的支持，世民谢过将军！”
说罢，李世民转身离开李府。
初四，天未亮，李世民率众人偷偷来到玄武门前，张公谨学了三声布谷鸟叫，听到布谷鸟声，常何立即命人往大门门轴上浇桐油，防止开门声惊醒宫中之人。
进入玄武门后，众人按照安排分散隐藏起来。
不一会儿，裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴世矩等人奉诏早到，准备调查太子、齐王淫乱后宫之事。
几人见到李渊后，尉迟敬德、宇文士及等人杀出，尉迟敬德挽住李渊手臂，说：“陛下，太子、齐王今日要谋反，臣奉秦王令特来护驾！”一边说一边把李渊拉上小船，而后由宇文士及持刀护卫李渊，房玄龄、杜如晦等也执刀命裴寂等人上了另一条船。
控制住了李渊等人后，众人继续蛰伏，等待太子、齐王的到来。
太子、齐王身穿软甲大摇大摆走入宫门，行至临湖殿，太子发觉宫中守卫怎么全都不见了，于是大呼：“不好！快撤！”
李建成拉着李元吉快马向玄武门外跑去。李世民见二人想跑，立即现身，大喊：“奉诏诛杀李建成、李元吉！”
李元吉大惊，回头弯弓搭箭射向李世民，怎料过于紧张害怕，一连三次由于没有拉满弓，竟全部没能射出去。
李世民则气定神闲，取箭、搭箭、弯弓、射箭一气呵成，直中李建成，李建成摔下马来，登时没了呼吸。见李建成伏诛，李元吉拍马快跑，尉迟敬德突然杀出，手下士兵万箭齐发，李元吉中箭，跌落下马。李世民走上前去，欲结果了李元吉，突然，坐骑受惊，李世民也被树杈挂住，李元吉见状，夺过李世民手中弓，用弓弦勒住李世民，在这危急关头，尉迟敬德赶到，大喝一声，李元吉吓得转头就跑，尉迟敬德拿起弓箭，一箭射死了李元吉。
太子、齐王被杀的消息很快传出了玄武门，李建成的部下、东宫翊卫车骑将军冯立准备为太子报仇，与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫长林兵和齐王府的精锐兵马两千人，攻打玄武门，准备为太子和齐王报仇。危急时刻，张公谨臂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。
见玄武门一时难以攻破，冯立命薛万彻攻打秦王府，至秦王府后，与秦叔宝交战，不敌，急奔玄武门，会同冯立再次攻打玄武门。高士廉见薛万彻撤兵，料想必去了玄武门，于是，命秦叔宝留少量兵保护秦王府外，其他士兵赶往玄武门。而后，高士廉来到监牢，释放死囚，命众人投入战斗，驰援玄武门，未至，玄武门被攻克，云麾将军敬君弘、中郎将吕世衡被冯立所杀。
双方正杀得难解难分之际，秦叔宝、高士廉率军赶到，与玄武门内的张公谨等人内外夹击，太子党势危。
正在太子党准备溃逃之际，薛万彻擂鼓呐喊、振奋军心。见状，尉迟敬德立刻面见李渊，请李渊敕令太子、齐王军队全部放下武器，接受秦王处置。李渊无奈只得同意。
拿到敕令后，尉迟敬德提着太子和齐王的人头，宇文士及则带着敕令赶到玄武门门前，宣读敕令，说：“皇太子李建成、齐王李元吉内藏奸邪之谋，企图危害国家，都被处死。朕恭敬地承受皇位，统治万方，安抚养育百姓，至今已有九年。朕希望让仁惠的政策遍及天下，让德义之道在宇宙中得以彰显。哪能料到如此巨大的灾祸，竟在宫廷内部发生，逆子之恶，灭绝了天性。皇太子李建成身为嫡长子，本应继承皇位，但他却亲近小人，听信邪谋，蔑视君父，离间骨肉，密谋叛逆，如同凶恶的枭獍。司徒、齐王李元吉，地位稳固如磐石，职责重要如屏障，受到的宠爱和提拔都很深厚，职位也不低，但他却违背天理，与元凶李建成同流合污，助长邪恶，互相煽动，他们的逆反之心和罪行，昭然若揭。这两个凶徒，罪大恶极，如今，灾祸降临，他们被处以死刑。”
众人又见到太子和齐王的人头，于是纷纷放下武器。冯立、薛万彻、谢叔方、唐临逃脱。
萧瑀和陈叔达对李渊说：“李建成与李元吉阴险狡诈、志大才疏，为国未立寸功，却享受着不该有的待遇，然二人不思感恩，反而嫉妒秦王功劳大、威望高，屡次三番构陷秦王，今又谋反，幸得秦王护驾，诛杀了他们，秦王又深得民心，是太子的最佳人选啊！”
李渊说：“说得好！这也是朕一直以来的想法啊！”
秦王府众人说：“请陛下下令诛杀太子和齐王党羽！”
尉迟敬德制止，说：“罪过都在两个元凶身上，他们已经受死。倘若我们对其他人赶尽杀绝，恐怕会引起天下的动荡啊！”
秦王也同意尉迟敬德的看法。
于是，李渊下《诛建成元吉大赦诏》说：“想到他们的罪恶，朕心中充满了惭愧和愤恨。现在灾祸已经消除，氛围清明，国家安定，政治清明。朕想与万民一起洗刷过去，重新开始，因此大赦天下。从武德九年六月四日以前，无论罪行轻重，无论是否已经暴露，所有被囚禁的罪犯都一律赦免。叛逆之事，只涉及李建成和李元吉两人，其他被他们牵连的人，都是无辜受累，一律不予追究，各自恢复清白。僧侣、道士、女冠等宗教人士，仍按旧制行事。”
李渊又下诏令李世民为太子，明日举行册封大典。
房玄龄说：“殿下，如今还有不少前太子余党统兵在外，您不得不防啊？”
“依你之见，该当如何？”李世民问。
“臣认为，殿下可以请陛下发敕令，召统兵在外的太子党、齐王党的人来京，如果他们来人，证明他们没有叛乱之心，殿下便好生抚慰，若他们之中有人不来，那殿下就要防备了！”房玄龄说。
李世民深以为然，并表示此事就交给了房玄龄。
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