魏征坦然回应说：“曾子师孔子，鲁国人，周游列国，只为实现自己的理想，这算忠还是不忠呢？若算忠，他应该待在鲁国，忠于鲁国君主，可他却游说诸国，却不被人认为不忠，这是为什么呢？依我看，真正的忠不是忠于国君，而是忠于社稷。春秋时期，齐国的管仲曾说，忠于社稷要高于忠于君主，社稷没了，臣不应独活，而若是君主亡了，臣子无非只是难过罢了！”
“魏征，你的意思是前太子死了，你只是难过而已？”
“前太子身死，但大唐社稷还在，齐国君主曾问晏子，何为忠臣？晏子说，社稷有难，君王出逃，臣子不跟着走，就是忠。齐国君主不解地问，平时臣子接受君主的逢低、爵位、俸禄，危难的时候却抛弃君主，这怎么能算忠？晏子说，君主若听忠臣的话，社稷怎么会危难，君主怎么会出逃？反之，不听忠臣之言的君主，又何必陪着他死呢？”
“你的忠言就是劝前太子谋杀我吗？”
“是！”
听到魏征回答，众人大惊，急忙劝李世民处死魏征。
魏征继续说：“当时前太子是储君，而秦王只是藩王，但是秦王的势力强大，有超过前太子的迹象，如果我不劝前太子杀了你，那么，天下不宁、社稷不安，到最后，双方定会兵戎相见，到时候受苦受难的就是百姓，而暗杀了你，就会使得百姓少受战乱之苦。俗话说，一山不容二虎，大唐只能有一位储君，我是前太子的人，当然要劝他杀了你！可惜，前太子优柔寡断，迟迟不下决定，当他下定决心的时候，却发生了玄武门之变，这算是他咎由自取吧！前太子身死，我不出逃，因为我觉得我是管仲和晏子那样忠于社稷的忠臣。”
“真是不知羞耻，竟然把自己和管仲、晏子相提并论！”众人纷纷指责魏征。
看着大义凛然的魏征，李世民说：“免跪、赐座！”
众人皆惊。
李世民对魏征说：“魏征，如果我只认忠于我的忠臣，你该当如何？”
“殿下，依我来看，治天下需要的是良臣，而不是忠臣！良臣是有才能之人，而忠臣也许没有才能，只有一片忠心，但是只有忠心的人是治理不好天下的。臣自认为，自己不是忠臣，尤其不会是只忠于殿下的忠臣，所以，臣恳请殿下杀了我，而且杀了我对您更有好处！”
“有何好处，说来听听！”李世民好奇地问。
“玄武门之变后，不少太子党、齐王党的人都在观望，他们不知道殿下会如何处置他们，如果殿下杀了我，他们定会知道殿下的手段，从此隐居山林，这样一来，殿下就会少了很多麻烦，原秦王府能人众人，只用他们，我相信也能治理好天下。”
“你少说了一点，世人不知道我因何与前太子结怨，我杀了你，就可以告诉世人，是你蛊惑前太子杀我，我被迫反击才有的玄武门之变，你是这场政变的罪魁祸首！”
“臣谢太子殿下如此看重魏征！”
“你为何说我看重你？”
“殿下向天下人说我一人便可搅动皇室内乱，这不是看重我还是什么？我乃读书人，想要的便是在史书上留下自己的名字，殿下想赐我如此美事，臣感激不尽！”
“可你有可能在史书上遗臭万年，这难道也是你愿意看到的吗？”
“臣本是前太子的人，为主尽忠，怎么会遗臭万年？”
“好你个魏征，我偏偏不让你为主尽忠，我要留着你，我要让你愧对前太子！”
“谢殿下！”魏征赶忙叩首谢恩。
“刚才不是还想死吗？现在怎么这么快谢恩了？”
“臣不是谢殿下不杀之恩，而是谢陛下给了臣做良臣的机会！”
“魏征啊魏征，什么话都让你说了，哈哈！”看着如此机辩的魏征，李世民不禁大笑了起来，并任命魏征为詹事主簿、谏议大夫，又派人将王珪、韦挺调回朝中，也担任谏议大夫。
李世民的举动无疑向世人宣布，天下已定，原秦王府要和前太子府和齐王府握手言和了，连王珪、韦挺、魏征等与李世民有深仇大恨之人，李世民都能主动化干戈为玉帛，也充分向世人证明了李世民拥有宽广的胸襟。
是夜，李世民召房玄龄、杜如晦等主要功臣叙话。
“玄龄，我们原秦王府、天策府人员众多，怎么安置他们啊？”
“殿下，朝中官职有限，不少官员都是陛下亲自任命的，我们不宜擅动，而您又不准备追究太子党、齐王党的人，他们担任的官职也不能动，否则殿下就会失信于人，因此，留给我们的人的官职实在太少了，我建议殿下可以多设些勋爵，多赠我们秦王府一些功臣一些俸禄，暂时不要大量的充斥进朝中。”
李世民觉得言之有理，于是决定让原秦王府人员分批次的进入朝中任职，等朝中有人年老退休后，再由秦王府人员顶上。
“殿下，我们或许可以对现有官员进行考核，现在，朝廷内外有不少不干实事的官员，他们占着位置却不办事，我们可以对那些人下手，通过罢免他们，来任命我们自己的人。”长孙无忌说。
“无忌说的也有道理，正好还能够正一正朝廷百官的风纪。不过此事现在还不能实行，得先缓一缓，不然定会激起老臣们的反抗，等我们的人在朝中和地方的数量够多时，再去实行吧！”
“是！”长孙无忌回应。
六月十二日，李世民对功臣进行封赏。诏令宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为太子左庶子，高士廉与房玄龄为太子右庶子，尉迟恭为东宫左卫率，程知节为东宫右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马，并称玄武门之变中，长孙无忌和尉迟敬德功为第一，分别赐绢一万匹，齐王府所有金银财物也全部赐给尉迟敬德。
二十五日，通事舍人崔敦礼奉命来到幽州，令幽州都督庐江郡王李瑗入京。李瑗乃李建成死党，李瑗心有恐惧，不知自己一旦回京，还能不能回到幽州，于是召集手下，商量对策。
王君廓打算捉拿李瑗，借此建立功劳，于是劝他说：“如果大王入朝，肯定没有保全的道理。现在大王拥有数万兵马，何不高举为前太子报仇的旗号起兵呢？我想，到时候我们一定能得到太子旧党的支持。”
李瑗听后觉得有理，于是囚禁崔敦礼，联络燕州刺史王诜共同举事，并将一切大事交付王君廓。
兵曹参军王利涉急忙私下劝李瑗说：“王君廓草寇出身，先投靠李密，后又降唐，是个小人，不能委以重托，况且他是李世民的人，他的话怎么能相信呢？不如立即除掉王君廓，让王诜来代替他的位置。”
李瑗说：“我与他曾约定结为儿女亲家，他怎么会害我？”遂不听王利涉之言。
王君廓得知这一消息后，立即前去见王诜，并将其斩杀，然后割下他的头颅，对他的手下说：“李瑗与王诜共同谋反，囚禁陛下的使者，暗自调动兵马。今王诜伏诛，大家是愿意跟着李瑗受死，还是愿意跟着我去享受富贵呢？”
众人都说：“我们愿意随您讨伐李瑗！”
于是，王君廓便率领众人回到幽州，一面命人前往监牢放出崔敦礼，一面带人捉拿李瑗。见王君廓持刃立于面前，李瑗悔不听王利涉之言，破口大骂：“你这个小人，你出卖我，你会遭报应的！”
“可你的报应就在当下！”说罢，王君廓斩杀李瑗，向长安献表。
李世民得知消息后，下令除去李瑗宗籍，任命王君廓为左领军大将军，兼幽州都督，左光禄大夫；崔敦礼坚贞不屈，没有透露任何信息，李世民赐给他良马和黄金器物以示奖励。
此事之后，太子党、齐王党心生恐惧。各地方官纷纷捉拿太子党、齐王党来邀功。魏征、王珪、韦挺等人将此情况报之于李世民。李世民得知人心浮动后，再次下令，重申太子党、齐王党之罪不再追究，参与庐江王谋反者也一概免死，若有人再以此事罗织罪名，决不轻饶！
七月初三，李世民任命秦琼为左武卫大将军，程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武侯大将军。
初七，李世民任命高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
初八，召回流放在外的杜淹，并担任御史大夫，宇文士及为中书令，封德彝为右仆射。前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞侯段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为左武侯将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。
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