“陛下，官员进行了缩减，有些职位也被撤销了，但是相对应的事情还是需要有相应的官员来办理，我们是不是也要对各部门的职能进行明确和调整。”房玄龄问。
“不错，我们的制度必须明确和调整，以前官员冗多，政出多头，各部门互相推诿，最终导致事情很难办成，我们接下来必须对中央机构进行改革。这件事，还是你来办吧！”李世民对房玄龄说。
于是，三省六部制开始完善。
三省六部制完善后不久，李世民发现三省之间政令下达与执行颇为费时，所有政令都先由中书省拟定，然后交于门下省审核，后再呈皇帝御览，皇帝同意后，交给尚书省执行，如此繁复的流程下来，浪费了时间，不利于政令的快速下达和执行，于是，李世民针对这种情况，提出了建立政事堂，其中三省长官和参议朝政、参预朝政、参知政事等为政事堂成员，遇到重大事情或紧急事情，众人合议，商议通过立即执行，避免贻误时机。
政事堂与三省六部相互补充，使得朝廷政令得以快速下达和执行，也增强了决策的民主性和科学性。
房玄龄又说：“陛下，魏晋以来，九品中正制盛行，为官者多为门阀士族，他们把持朝政，想换掉他们不是易事，臣认为可以重开科举制，使寒门子弟有机会进入朝廷，这样一来，可以制约那些门阀士族。”
李世民说：“朕也正有此意，寒门子弟也有不少人才，而且他们的力量一点不弱于门阀士族，窦建德、刘黑闼他们都是草莽出身，但打仗都是人才，魏征、张玄素等也都是寒门子弟，可他们也是人才，只要是人才，就要为朕所用。”
于是，李世民命房玄龄拟定具体办法。
不久，各机构职权得以明确，李世民下诏：
“天下制有六，天子用制、诏、册，太子用令，亲王、公主用教，州、县用符。定官员等级为九品三十级。百官设置中，三公为正一品，位次顺序为太尉、司徒、司空，三公无所不统，亲王、公主爵享受正一品待遇；撤天策上将、尚书令职，开府仪同三司、骠骑大将军，爵嗣王、郡王、国公为从一品；特进、辅国大将军，爵开国郡公、勋上柱国为正二品；尚书左仆射、右仆射、太子少师、太子少傅、太子少保、京兆府、河南府、太原府、大都督、光禄大夫、镇国大将军，爵开国县公、勋柱国为从二品；中书令、侍中、六部尚书、十二卫大将军、太子宾客、太常卿、太子詹事、中都督、金紫光禄大夫、冠军大将军、怀化大将军。勋上护军为正三品；御史大夫、秘书监、光禄寺卿、卫尉寺卿、宗正寺卿、太仆寺卿、大理寺卿、鸿胪寺卿、司农寺卿、太府寺卿、将作监、左右散骑常侍、国子祭酒、殿中监、少府监、诸卫羽林千牛将军、下都督、上州刺史、大都督府长史、银青光禄大夫、云麾将军、归德将军，爵开国侯，勋护军为从三品；黄门侍郎、中书侍郎、尚书左丞、吏部侍郎、太常少卿、太子左庶子、太子左右卫率、中州刺史、军器监、上府折冲都尉、正议大夫、忠武将军，爵开国伯，勋：上轻车都尉为正四品上；尚书右丞、尚书诸司侍郎、左右千牛卫、左右监门卫中郎将、亲勋翊卫羽林中郎将、下州刺史、通议大夫、壮武将军为正四品下；光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺少卿、秘书少监、殿中少监、内侍、亲王府长史、太中大夫、宣威将军，勋轻车都尉为从四品上；国子司业、少府少监、将作少匠、京兆府、河南府、太原府少尹、上州别驾、大都督府司马、亲王府司马、中府折冲都尉、中大夫、明威将军为从四品下······其中，侍中两人、中书令两人、尚书左仆射、右仆射各一人、参知政事若干、参预朝政若干、参议得失若干可称为宰相，其中，中书省负责拟定诏命，门下省掌封驳审议，尚书省贯彻执行，三省长官只对皇帝负责，不可互相兼任。尚书省下辖吏、户、礼、兵、刑、工六部，长官为尚书，六部分理各种行政事务，每部又领四司，计二十四司。六部位次为吏部、礼部、民部、兵部、刑部、工部，吏部掌文选、勋封、考课之政，其中，三品以上者由皇帝亲自选授，五品以上者由宰相提名呈报皇帝御批，吏部听制授官；礼部掌礼仪、祭享、贡举之政；民部掌天下财政、民政，包括土地、人民、婚姻、钱谷、贡赋等；兵部掌六品以下武官选授、考课、主持武举，以及军令、军籍和中央一级的军训，但并不直接带兵；刑部掌律令、刑法、徒隶并平议国家之禁令；工部掌土木水利工程和国家农、林、牧（军马除外）、渔业之政，以及诸司官署办公所需纸笔墨之事。”
房玄龄对李世民说：“陛下，科举制内容和办法臣等拟好了，请您过目！”
李世民说：“你念吧，朕听着！”
房玄龄说：“对于考生范围，臣等认为考生来源有二，一是国子监的学生，他们本身是贵族子弟和外国留学生，将他们称为‘生徒’，具备考试资格，具体规定：国子监下辖国子学学生三百人，主要招收文武三品以上官员的子孙，或从二品以上官员的曾孙，以及勋官二品、县公、京官四品且带有三品勋封的子嗣；太学学生五百人，主要招收五品以上官员的子孙，或职事官五品期亲及三品曾孙，以及勋官三品以上且有封爵的子嗣；四门学学生一千三百人，其中五百人招收勋官三品以上无封爵、四品有封爵及文武七品以上的官员子嗣，八百人则选拔平民中的佼佼者；律学学生五十人，书学有学生三十人，算学有学生三十人，这些主要招收八品以下官员的子嗣及平民中精通这些学问的人。国子监的学生由尚书省补选，由祭酒统一管理。二是社会上其他受过教育的人，只要想报考，也应该接纳，他们被称为‘乡贡’。州县的学生则由州县长官补选，由长史主管。
考生年龄方面，学生的年龄限制在十四岁以上，十九岁以下；而律学的学生则是十八岁以上，二十五岁以下。
对于考试科目，臣等认为可以设置秀才、俊士、明经、进士、明法、明书、明算、史科、三传科、道举、童子等，然后，考试内容为经义、时务策、律法、算术、书法等。
具体来说，在经书方面，《礼记》和《春秋左氏传》被视为大经，《诗》《周礼》《仪礼》被视为中经，《易》《尚书》《春秋公羊传》《谷梁传》则被视为小经。学生如果通晓两部经书，需要包括大经和小经各一部，或者两部中经。如果通晓三部经书，则需要包括大经、中经、小经各一部。如果通晓五部经书，则需要大经全部通晓，其余经书各通晓一部，同时还需要兼通《孝经》和《论语》。
在学习年限上，《孝经》和《论语》共限一年学完，《尚书》《公羊传》《谷梁传》各一年半学完，《易》《诗》《周礼》《仪礼》各两年学完，《礼记》《左氏传》则需要三年学完。此外，学生还需要学习书法，每天写一幅纸，同时学习时事策论，阅读《国语》《说文》《字林》《三苍》《尔雅》等书籍。
在书学方面，学习石经三体限三年学完，《说文》两年学完，《字林》一年学完。在算学方面，《孙子》《五曹》共限一年学完，《九章》《海岛》共三年学完，《张丘建》《夏侯阳》各一年学完，《周髀》《五经算》共一年学完，《缀术》四年学完，《缉古》三年学完，同时还需要兼习《记遗》和《三等数》。
在假期规定方面，学生每旬可以休假一天，每年五月有田假，九月有授衣假，对于家在二百里以外的学生，学校会提供路程费。如果学生不遵守教规，或者在一年中缺勤超过三十天（因事故缺勤百日，或因亲人疾病缺勤二百日者除外），都会被罢黜归家。被罢黜的学生，其情况会被记录在案并送至相关部门，其中五品以上官员的子孙会被送至兵部，按照相关规定进行安排。
对于考核成绩的规定，学生在休假前，博士会对学生进行考试，对于诵读者，要求试读千言中的一帖，每帖三个字，对于讲解者，要求就二千言中的大义提出一条问题，总共三条中答对两条就算及格，不及格者会受到惩罚。到年底时，会考核学生一年所学的内容，通过口头问答十条大义，答对八条以上为上等，六条为中等，五条为下等。如果连续三年考核为下等，或者在学九年（律学为生六年）仍不能通过考核的，会被罢黜归家。对于那些已经通过二经考核的诸学生和通过三经考核的俊士，如果他们愿意继续留校学习，四门学的学生可以补入太学，太学的学生可以补入国子学。
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